比较蛋白质组学之SILAC定量分析

SILAC ( Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)技术是利用哺乳动物细胞增殖对必需氨基酸的依赖性原理而设计的代谢标记蛋白质的方法。SILAC技术应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案，是目前较先进的、进行细胞中蛋白质相互作用和蛋白质表达差异的定量蛋白质组学技术。 一、技术特点： 体内标记技术，标记效率高； 活体标记，更接近样品真实状态； 定量精确，线性范围广，定量重复性好； 与化学标记相比，样本量要求少； 可在对多种培养基中的多种细胞进行标记。   二、适用范围： 药物作用靶点研究； 疾病标志物筛选； 只适用于活体培养的细胞，对于生物医学研究中常用的组织样品，体液样品等无法分析，对于动物模型的标记成本太大，无法实现； 要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息。   三、实验流程： （1）接受订单及样品； （2）细胞培养标记； （3）蛋白提取及混合； （4）蛋白酶解； （5）HPLC分离； （6）LC-MS/MS； （7）数据解析； （8）结果交付。   四、需提供： （1）需鉴定的样品； （2）样品信息：需详细说明样品来源、含量、状态及其他基本信息。   五、最终交付： （1）实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。 （2）生物信息学分析内容包括： ①SILAC定性分析：包括肽段、蛋白鉴定结果统计、重复性分析、unique肽段数分布、肽段长度分布、蛋白覆盖度分布； ②SILAC定量分析：包括肽段、蛋白定通量统计、差异蛋白筛选、蛋白丰度比值分布、差异蛋白表达量层次聚类分析； ③蛋白质功能注释分析：包括GO分类；COG注释；Pathway通路分析； ④差异蛋白功能富集：包括对差异蛋白GO富集分析；差异蛋白Pathway通路分析； ⑤差异蛋白网络互作分析； ⑥蛋白质结构域预测。   六、实验周期： 自送样起50个工作日。