比较蛋白质组学之SWATH定量分析

SWATH（Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra）是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。SWATH采集模式将扫描范围划分为以25 Da为间隔的一系列区间，通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息，是 MS/MSALL技术的扩展。SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术，同时也大大提高了定量的可重现性。 一、技术特点： （1）灵敏度高：SWATH技术利用高分辨率的TripleTOF 5600 +系统，达到了与MRM相当的定量灵敏度； （2）重复性好：重复样品间的定量相关性可达到0.99以上； （3）定量准确度高：定量准确度几乎与MRM技术相当； （4）线性动态范围广：定量范围可跨越4个数量级； （5）通量大：一次实验可检测到2000种以上蛋白并定量。   二、适用范围： （1）药物作用靶点研究； （2）疾病标志物筛选； （3）植物胁迫/抗逆研究； （4）作用机制研究； （5）物种蛋白质草图构建； （6）要求物种含有已完成全基因组测序或转录组测序注释的CDS信息。   三、需提供： （1）需鉴定的样品； （2）样品信息：需详细说明样品来源、含量、状态及其他基本信息。   四、结果交付： （1）实验报告一份，含具体实验流程及蛋白质组鉴定及定量结果（生物信息学分析）。 （2）生物信息学分析内容包括： ①SWATH参考谱图数据库构建：通过DDA模式的扫描结果，谱图数据库构建、全谱鉴定及结果可靠性评估； ②SWATH定量：根据二级碎片离子的全扫描结果实现二级离子的定量，SWATH结果可靠性分析，差异表达分析，层次聚类，PCA分析等； ③蛋白质功能注释：包括GO注释、COG分类和KEGG Pathway分析； ④差异蛋白功能富集：包括GO富集、Pathway富集； ⑤差异蛋白网络互作：基于STRING 数据库的PPI分析，基于Cytoscape的可视化展示。   五、实验周期： 自送样起50个工作日。