转录组学之全转录组测序

转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的 。

转录组测序是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言，转录组测序无需预先设计探针，即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测，能够提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。

一、全转录组测序简介：

在有参考基因组的情况下，能够快速获得基因表达谱；可以对转录本的序列及结构信息进行精确分析，对检测低丰度转录本和发现新转录本具有独特的优势。

在无参考基因组的情况下，能够快速获取该物种的mRNA序列，并预测可能的非编码RNA，提供全面的转录组信息。

二、实验流程：

（1）材料选取；

（2）核苷酸提取；

（3）特异性文库构建；

（4）Illumina平台测序；

（5）生物信息学分析。

三、生物信息学分析：

（1）基本数据分析：

（2）无参考基因组的转录组分析：

四、应用领域：

疾病诊断、表达差异的研究、寻找可能致病基因或疾病相关基因、基因点突变及多态性检测、新转录本预测、可变剪切分析。

五、样品要求：

| 样品类型 | 样品量 | 样品要求 |

| total RNA | ≥1.0ug | 浓度≥50ng/ul |