miRNA、mRNA、降解组整合分析

一、技术简介： 转录组-小RNA-降解组联合分析的关键点是降解组的分析结果，降解组分析所用的miRNA序列是小RNA测序所鉴定到的全部miRNA，所比对的数据库是转录组测序所拼接得到的序列，通过降解组测序可以获得miRNA和靶基因的关系对信息。再通过miRNA-靶基因网络调控图可以直接展示miRNA调控多个靶基因以及同一个靶基因被多个miRNA调控的情况。通过将这三者数据进行整合分析，可以挖掘基因表达过程中参与的调控机制。

二、技术路线：

三、分析内容： 1.不同比较组差异分析结果：

A.miRNA-靶基因整合降解组剪切位点的分析结果总览

B.不同比较组miRNA靶基因的GO功能分析

C.不同比较组miRNA靶基因的KEGG功能分析

D.不同比较组聚类分析

E.不同比较组上下调频数统计

F.miRNA-mRNA的网络调控分析

2.差异基因共表达分析结果：

A.构建基因模块

B.枢纽基因筛选

C.枢纽基因注释

D.与胁迫机制相关的网络机制构建

3.转录因子-小RNA关联分析结果。 三、样本类型： 1.细胞，组织，体液、血清、血浆、全血，总RNA等 2.建议总RNA起始量：60μg，最低30μg，浓度≥400ng/μL

四、代表性文章： 1.ZhangJ,HuangM,LiangJ,etal.Genome-wideminingformicroRNAsandtheirtargetsinBetulaluminifera,usinghigh-throughputsequencinganddegradomeanalyses[J].TreeGenetics&Genomes,2016,12(5):99.

2.FangT,WeiH,ZhaoS,etal.IdentificationofmicroRNAsInvolvedinRegenerationoftheSecondaryVascularSysteminPopulustomentosaCarr[J].FrontiersinPlantScience,2016,7(Article724):724.

3.FengH,WangT,FengC,etal.IdentificationofmicroRNAsandtheircorrespondingtargetsinvolvedinthesusceptibilityinteractionofwheatresponsetoPucciniastriiformisf.sp.tritici[J].PhysiologiaPlantarum,2016,157(1):95.