简化基因组测序简介

一、技术简介： 简化基因组测序（Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS）是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集特异性长度片段，应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

二、技术优势： 1、方案灵活：可根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案；

2、重复性高：不经过片段大小选择，技术重复度高；

3、数据可信度高：基于混合泊松分布模型的 de novo SNP 分型算法 iML，有效去除重复序列对分型的干扰。

三、技术路线： 基因组 DNA→酶切处理→文库构建→上机测序→数据分析。

四、测序策略： HiSeq 4000，PE150。

五、分析内容： 标准分析： 1.下机数据统计； 2.数据质控； 3.高质量数据获取； 4.比对分析； 5.Tag数目及深度统计； 6.群体SNP 检测与统计； 7.群体SNP 注释； 8.取样网络图绘制； 9.样品地理距离计算； 10.样品间遗传距离计算； 11.基于SNP的系统进化树重构； 12.群体主成分分析； 13.群体遗传结构分析； 14.群体遗传多样性分析。 高级分析： 群体特异性 SNP 鉴定。

六、样本类型： 1、细胞，动植物组织，血液，总 DNA 等；

2、总 DNA 起始量＞20μg，浓度＞100ng/μl，OD260/280 介于1.8-2.0之间，并确保 DNA 无降解。

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