miRNA、mRNA、iTRAQ整合分析
一、技术简介:miRNA是一类长度约20-24nt的具有调控功能的非编码RNA,在生物体内,miRNA主要通过与靶基因mRNA结合,介导靶mRNA的翻译抑制(动物)或剪切降解(植物),而蛋白质作为mRNA的翻译产物,其表达量也会受到影响。通过研究miRNA-mRNA-蛋白质之间的相互作用关系,可以系统的研究基因表达调控机制。 二、技术路线: 三、分析内容: 1.三组学关联
一、技术简介: miRNA是一类长度约20-24nt的具有调控功能的非编码RNA,在生物体内,miRNA主要通过与靶基因mRNA结合,介导靶mRNA的翻译抑制(动物)或剪切降解(植物),而蛋白质作为mRNA的翻译产物,其表达量也会受到影响。通过研究miRNA-mRNA-蛋白质之间的相互作用关系,可以系统的研究基因表达调控机制。
二、技术路线:
三、分析内容:
1.三组学关联总表
A.GO分析 B.靶基因GO功能注释 C.关联蛋白KEGG分析 D.靶基因KEGG功能注释 E.显著富集的功能和通路分析 2.个性化关联分析内容 A.关联数据表达模式聚类 B.关联数据网络图 C.蛋白互作网络图
四、样本类型: 1、细胞,组织,体液、血清、血浆、全血,总RNA、总蛋白等;
2、建议总RNA起始量:10μg,最低4μg,浓度≥120ng/μL;
3、建议总蛋白起始量(单次):≥500μg,浓度≥1μg/μL。
五、代表性文章: WangC,LiuCM,WeiLL,etal.AGroupofNovelSerumDiagnosticBiomarkersforMultidrug-ResistantTuberculosisbyiTRAQ-2DLC-MS/MSandSolexaSequencing.IntJBiolSci2016;12(2):246-256.doi:10.7150/ijbs.13805.
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