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比较蛋白质组学之SILAC定量分析
SILAC ( Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture)技术是利用哺乳动物细胞增殖对必需氨基酸的依赖性原理而设计的代谢标记蛋白质的方法。SILAC技术应用于定量蛋白质组研究,为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案,是目前较先进的、进行细胞中蛋白质相互作用和蛋白质表达差异的定量蛋白质组学技术。一、
比较蛋白质组学之SWATH定量分析
SWATH(Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra)是瑞士苏黎世联邦理工学院的Ruedi Aebersold 博士及其团队与AB-SCIEX联合推出的一项全新的质谱技术。SWATH采集模式将扫描范围划分为以25 Da为间隔的一系列区间,通过超高速扫描来获得扫描范围内全部离子的所有碎片信息,是 MS/MSALL技术的
多组学联合分析简介
近年来随着新技术的不断涌现,加快了多组学研究向定量化,高通量的发展,特别是在单细胞层次研究基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学,已成为人们发现生命化学物质基础和深入了解其分子机制的新方向。通过对多组学数据的整合分析,有利于系统性地研究临床发病机理、确认疾病靶点,发现生物标志物与进行疾病早期诊断,从而对个体化治疗和用药指导发挥重要作用。核酸组学:从底层原因层面探究和解决生物学问题。蛋白组学:从表
RIP常见问题与解答
一、什么是RIP?RIP技术(RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay,RNA 结合蛋白免疫沉淀)主要是运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA 进行q-PCR验证或者测序分析。RIP 是研究细胞内RNA 与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,可以帮助我们发现miR
分子互作之核酸与核酸互作
miRNA可以与mRNA结合调节体内基因的表达,通过影响蛋白的表达、修饰、酶活性等来调节生命活动的进行。lncRNA作为体内的ceRNA,可以与miRNA结合起到调节基因表达的作用。研究lncRNA与miRNA的相互作用对于研究生命具有重要的意义。通过MS2-RIP和灵敏度更高的双荧光素酶技术,来研究lncRNA和miRNA的相互作用。 一、MS2-RIP:MS2-RIP技术主要是应用针对GFP抗
分子互作之核酸与蛋白互作
蛋白与核酸的相互作用广泛存在于生命活动的调节中。基因的复制、转录、翻译、修饰等过程都离不开核酸和蛋白的互作。科沿有道提供RNA pull down+质谱、双荧光素酶、染色质免疫共沉淀、凝胶迁移或电泳迁移率检测(EMSA)、酵母单杂交、DNA pull down等技术来检测DNA/RNA与蛋白的相互作用。 一、RNA pull down 蛋白质与RNA 的相互作用是许
分子互作之蛋白与蛋白互作
蛋白是生命活动的执行者,可以以单一分子或者复合体形式执行生命活动。蛋白分子间相互作用是蛋白分子组建复合体、执行功能的一个途径。科沿有道可以提供免疫共沉淀、GST pull down、酵母双杂交技术检测蛋白分子间的相互作用。其中,免疫共沉淀实验结果具有更接近真实生理条件下蛋白相互作用信息的优点,配合GST pull down,可以研究蛋白之间是直接相互作用还是间接相互作用,而酵母双杂对于研究低表达的